Порт состоит из трёх грузовых районов: прегольского (включает два причала для перевалки навалочных грузов), светловского (расположен на правом берегу Калининградского морского канала, включает один грузовой и один пассажирский причал) и гравийно-сортировочного завода (включает один причал, на котором осуществляется перевалка песчано-гравийной смеси).